El delantero vuelve a la «U» tras su breve pero exitoso paso en 2012 en la era de Jorge Sampaoli.
Luego de 9 años en el extranjero, Junior Fernandes vuelve a Chile para vestir la camiseta del Romántico Viajero luego de su paso por Europa y Asia donde vistió las camisetas del Bayer Leverkusen, Dinamo Zagreb, Alanyaspor, Estambul Basaksehir y Al-Ittihad.
Pese a su millonario paso al Leverkusen, el delantero no tuvo gran participación, solo disputó 13 partidos en la temporada 2012/2013 en los que anotó un gol y dio tres asistencias.
Luego fue traspasado al Dinamo Zagreb de Croacia donde brilló junto a Ángelo Henríquez por varias temporadas, ahí el ex Cobreloa disputó 159 partidos en los que anotó 51 goles y asistió en 22 ocasiones.
Su rendimiento le permitió emigrar a una liga más competitiva como la turca donde defendió la camiseta del Alanyanspor por cuatro temporadas en las que disputó 108 partidos anotando 37 goles y asistiendo 21 veces.
En 2020 tuvo un breve paso por la liga de Emiratos Árabes con el Al Ittihad donde alcanzó a disputar 16 compromisos en los que convirtió tres goles y registró una asistencia.
En enero de este año volvió a Turquía para sumarse al campeón Basaksehir pero no tuvo gran continuidad, solo disputó 11 encuentros que le permitieron marcar 2 goles.
En resumen, tras su partida desde la «U» en 2012, Junior Fernandes ha disputado 307 partidos en los que ha anotado 94 goles y ha entregado 47 asistencias.
